После изучения сайтов Microsoft с рекомендациями по настройке Автономных файлов и обзора зарубежного опыта отыскал таки проблему - для корректной работы синхронизации при использовании DFS в силу особенностей работы кэширования возможность использования Автономных файлов должна быть включена не только на уровне непосредственно Конечного объекта папки (Folder target), но и на уровне корня DFS. В настройках автономного режима сетевой папки, которая является корнем DFS, по крайней мере должно быть указано "Вне сети доступны только указанные пользователем файлы и программы". Далее уже на уровне Конечного объекта папки (Folder target) вы можете указывать, какие из них могут быть доступны автономно, а какие нет, в зависимости от вашей необходимости.
В моем случае указанный корень DFS использовался для хранения перемещаемых профилей пользователей и перенаправленных папок Мои документы и Рабочий стол. Пути имели следующий вид:
\\domain.local\data\profiles\ - тут хранились профили пользователей, для Folder target "profiles" использование автономных файлов отключено
\\domain.local\data\userdata\ - тут хранились перенаправленные папки пользователей, для Folder target "userdata" автономные фалы были включены принудительно
На корне DFS "data" - автономные файлы были выключены принудительно. В итоге синхронизация через Центр синхронизация зависала в бесконечном "Синхронизация ожидается". Установка возможности кэширования на уровне корня решило проблему, при этом папка profiles не кэшируется, так как на ее уровне автономные файлы выключены.
Полезные ссылки:
1)
2)
3)
4)
5)
6)
7)