Если попытка удаления WSUS 3.0 завершается с ошибкой, то, возможно, поможет следующий способ:

1) Установите ключ реестра  HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Update Services\Server\Setup\wYukonInstalled в значение 0 (ноль).
2) Удалите роль WSUS через Server Manager.
3) Удалите фичу Windows Internal Database (при необходимости).

Первый пункт сообщает инсталлятору WSUS, что база Windows Internal Database не установлена, в результате деинсталляция обычно проходит без проблем.
В пункте 3 удаляется база данных WSUS.
У меня проблема возникла на Windows Server 2008 R2.