При изменении пути перенаправленной папки через групповые политики на новый путь, при этом когда сами данные физически продолжают оставаться в том же самом месте (например, в случае использования нового пути DFS или кластера), можно столкнуться с тем, что все файлы из папки будут удалены.
Это может произойти тогда, когда в настройках перенаправления папки включен параметр "Move contents of ... to the new location" (Перенести содержимое ... в новое местоположение). Конечным действием операции переноса является удаление файлов из начального местоположения, но так как физически оно одно и тоже, происходит полное удаление всех файлов из перенаправленной папки.
Будьте внимательны в таких случаях! Не забывайте снимать указанную галку в настройках перенаправления папки, либо включите параметр групповой политики "Verify old and new Folder Redirection targets point to the same share before redirecting" (Проверить перед перенаправлением, указывают ли старый и новый конечный объект перенаправления папки на один общий ресурс). Этот параметр находится в Computer Configuration/Polices/Administrative templates/Windows Components/Windows Explorer. При включении этой политики, Windows перед переносом файлов определяет путем записи временного файла - в одно и то же физическое место хранения происходит перенаправление или нет. В случае обнаружения, что папка перемещается в одно и то же место, происходит только изменение пути без операции копирования и удаления файлов.

Полезная ссылка Interesting “Bug” in GroupPolicy Folder Redirection results in lost data