Создав синхронизацию на одном компьютере, чтобы полностью не повторять всю процедуру на втором компьютере, можно просто перенести параметр нового пути через реестр.
Путь, где хранится этот параметр выглядит так:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office\14.0\OneNote\Options\Paths\UnfiledNotesSection |